Le Congrès, qui aujourd'hui se réunit tous les quatre ans, accueille les représentants des syndicats membres de la Confédération afin de débattre de la politique menée par l'organisation pour le mandat à venir. Les délégués sont amenés à voter les résolutions et rapports concernant les questions économiques, sociales.

Dès sa constitution en 1919, la CFTC inscrit dans le chapitre III de ses statuts plusieurs articles consacrés au fonctionnement des instances ; celles-ci sont au nombre de trois : congrès confédéral, Bureau confédéral et Comité national. Ces statuts sont ensuite complétés en 1923 par un règlement intérieur.
En ce qui concerne le fonctionnement du congrès confédéral, les statuts prévoient que chaque année, à une date et en un lieu fixés par le congrès précédent (en réalité, les dimanches et lundi de Pentecôte), les délégués des syndicats appartenant aux organisations confédérées se réunissent en congrès confédéral. Seuls les syndicats ont droit de vote, à raison d'un ou plusieurs délégués de chaque syndicat ; les unions régionales et les fédérations nationales ne votent quant à elles qu'à titre consultatif. Dans l'article 15, il est question des pouvoirs du congrès dont les décisions sont prises à la majorité des voix représentées : il entend et approuve le compte rendu des travaux du Bureau confédéral ; il approuve les comptes de l'exercice écoulé, fixe le budget de l'année suivante, statue définitivement sur les admissions et radiations, nomme le Bureau confédéral, prend toutes décisions et donne toutes directives relatives au fonctionnement de la Confédération. Il fixe la cotisation confédérale sur proposition du Comité national. Plusieurs commissions, telles que celles du travail féminin, du chômage, ou des jeunes complète cette organisation.

Les statuts et instances statutaires sont révisés lors du congrès de 1947. La première révision essentielle est celle de l'article premier des statuts : la Confédération se réclame et s'inspire désormais, dans son action, des principes de la morale sociale chrétienne et non plus, comme précédemment, de la doctrine sociale définie dans l'encyclique Rerum Novarum.

La périodicité des congrès est successivement portée de un à deux ans (1949), de deux à trois ans (1967), puis de trois à quatre ans (1988).

Une autre modification statutaire intervient au Congrès confédéral de 1982 : désormais, les retraités ont droit de vote dans les congrès confédéraux.